13−3−1 第一種事業から第六種事業のうち二以上の種類の事業を行っている事業者は、令第57条第2項又は第3項《中小事業者の仕入れに係る消費税額の控除の特例》の規定の適用に当たって課税資産の譲渡等につきこれらの事業の種類ごとに区分しなければならないが、この場合の区分方法としては、当該事業者の帳簿に事業の種類を記帳する方法のほか、次の方法によることとしても差し支えない。（平9課消2−5、平26課消1−8により改正）
(1) 取引の原始帳票等である納品書、請求書、売上伝票又はレジペーパー等に事業の種類又は事業の種類が区分できる資産の譲渡等の内容を記載する方法
(2) 事業場ごとに一の種類の事業のみを行っている事業者にあっては、当該事業場ごとに区分する方法
13−3−2 第一種事業から第六種事業までのうちいずれの事業に係るものであるかの区分は、課税資産の譲渡等ごとに行うのであるが、第一種事業から第六種事業のうち二以上の種類の事業を行っている事業者が、当該二以上の種類の事業のうち一の種類の事業に係る課税売上げのみを区分していない場合には、当該課税期間における課税売上高（令第57条第3項第1号《中小事業者の仕入れに係る消費税額の控除の特例》に規定する当該課税期間における課税売上高をいう。以下13−4−2までにおいて同じ。）から事業の種類を区分している事業に係る課税売上高の合計額を控除した残額を、当該区分していない種類の事業に係る課税売上高として取り扱って差し支えない。
例えば、第一種事業、第二種事業及び第三種事業を行っている事業者が、帳簿上、第一種事業と第二種事業に係る課税売上げを区分している場合には、区分していない残りの課税売上げは第三種事業として区分しているものとして取り扱うこととなる。（平9課消2−5、平26課消1−8により改正）