(別添)
連結法人に係る移転価格事務運営要領
6-1 事前確認については、移転価格税制の適用に係る連結法人の予測可能性を確保し、当該税制の適正かつ円滑な執行を図るため、我が国の課税権の確保に十分配意しつつ、事案の複雑性や困難性に応じたメリハリのある事前確認審査を的確かつ迅速に行う。また、事前確認に係る手続の利便性の向上及び迅速化を図るため、事前相談に的確に対応する。
6-2
(1) 連結親法人から当該連結親法人又はその連結子法人の国外関連取引の独立企業間価格の算定方法等に係る事前確認の申出が行われた場合には、所轄税務署長は、これを収受する。
なお、事前確認の申出を行おうとする連結親法人が事前相談を行っていない場合には、所轄税務署長は当該連結親法人に対して、事前相談を行った上で事前確認の申出を行うよう指導する。
(2) 事前確認の申出は、連結法人が事前確認を受けようとする連結事業年度（以下「確認対象連結事業年度」という。）のうち最初の連結事業年度の開始の日までに、国外関連者の所在する国又は地域の別に、確認対象連結事業年度、事前確認を受けようとする国外関連取引（以下「確認対象取引」という。）、確認対象取引に係る国外関連者及び確認対象取引に係る独立企業間価格の算定方法等を事前確認の対象となる取引を行う連結法人（以下「審査対象連結法人」という。）ごとに記載した「独立企業間価格の算定方法等の確認に関する申出書」（以下「連結確認申出書」という。）を別紙様式2により作成し、これを連結親法人が所轄税務署長に提出することにより行うものとする。
(注) 確認対象連結事業年度のうち最初の連結事業年度の開始の日が日曜日、国民の祝日に関する法律（昭和23年法律第178号）（以下「祝日法」という。）に規定する休日その他一般の休日又は国税通則法施行令（昭和37年政令第135号）第2条第2項（期限の特例）に規定する日に当たるときは、これらの日の翌日までに提出することにより行うものとする。
(3) 連結確認申出書の提出部数は、調査課所管法人に該当する連結親法人にあっては1部（相互協議を求める場合には2部）、調査課所管法人に該当しない連結親法人にあっては3部（相互協議を求める場合には4部）とする。以下6-3の資料、6-8の書類及び6-9の取下書の提出部数についても同様とする。
6-3
(1) 所轄税務署長は、事前確認の申出を行った連結親法人（以下「確認申出連結法人」という。）に対し、連結確認申出書に次に掲げる資料を添付すること及び当該資料に誤り又は変更があった場合には、速やかに当該確認申出連結法人の納税地を所管する局担当課（以下「親法人局担当課」という。）に連絡することを求める。
イ 確認対象取引の内容、当該確認対象取引の流れ及びその詳細を記載した資料
ロ 審査対象連結法人及び確認対象取引に係る国外関連者の事業の内容及び組織の概要を記載した資料
ハ 確認対象取引において審査対象連結法人及び確認対象取引に係る国外関連者が果たす機能、負担するリスク及び使用する資産に関する資料
ニ 確認対象取引に係る独立企業間価格の算定方法等及びそれが最も適切な方法であることを説明した資料
ホ 事前確認を行い、かつ、事前確認を継続する上で前提となる重要な事業上又は経済上の諸条件（条件に相当する確認対象取引に係る経済事情その他の要因等を含む。以下同じ。）に関する資料
ヘ 審査対象連結法人と確認対象取引に係る国外関連者との直接若しくは間接の資本関係又は実質的支配関係に関する資料
ト 審査対象連結法人及び確認対象取引に係る国外関連者の過去3連結事業年度分（その事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該事業年度を含む。以下(1)において同じ。）の営業及び経理の状況その他事業の内容を明らかにした資料（確認対象取引が新規事業又は新規製品に係るものであり、過去3連結事業年度分の資料を提出できない場合には、将来の事業計画、事業予測の資料など、これに代替するもの）
チ 確認対象取引に係る国外関連者について、その国外関連者が所在する国又は地域で、移転価格に係る調査、不服申立て又は訴訟等が行われている場合には、その概要及び過去の課税状況を記載した資料
リ 確認対象取引に係る独立企業間価格の算定方法等を確認対象連結事業年度前3連結事業年度（その事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該事業年度を含む。）に適用した場合の結果など確認対象取引に係る独立企業間価格の算定方法等を具体的に説明するために必要な資料
ヌ 審査対象連結法人が属する多国籍企業グループ（措置法第66条の4の4第4項第2号に規定する多国籍企業グループをいう。）の最終親会社等及び当該審査対象連結法人に係る親会社等（同項第5号に規定する親会社等をいう。以下（1）において同じ。）のうち当該審査対象連結法人を直接支配する親会社等が当該最終親会社等でない場合の親会社等の概要（法人名、本店又は主たる事務所の所在地等）を記載した資料（相互協議を伴わない事前確認の申出の場合に限る。）
ル その他事前確認に当たり必要な資料
(注) ト又はリに掲げる資料については、確認対象取引に係る製品のライフサイクル等を考慮した場合に、3連結事業年度分に係る資料では十分な事前確認審査を行うことができないと認められるときは、親法人局担当課は、確認申出連結法人に対し、これらに加え、その前2連結事業年度分（その事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該事業年度を含む。）に係る資料の提出を求める。
(2) 確認申出連結法人が、明らかに、(1)イからルまでに掲げる資料の添付を行っていない場合には、所轄税務署長は、当該確認申出連結法人に対して、速やかに、当該資料を提出することを求める。
6-4 署法人課税部門又は局調査課は、連結確認申出書に添付された資料のうち、外国語で記載されたものがある場合には、確認申出連結法人に対して日本語による翻訳文を添付するよう求める。
6-5 署法人課税部門又は局調査課は、収受した連結確認申出書の記載事項について記載誤り若しくは記載漏れがないかどうか又は6-3(1)に掲げる資料が添付されているかどうか等について検討し、不備がある場合には、確認申出連結法人に対して補正を求める。
6-6
(1) 署法人課税部門は、収受した連結確認申出書2部（確認申出連結法人が相互協議を伴う事前確認を求めている場合には3部）を速やかに局法人課税課に送付し、局法人課税課は、うち1部（確認申出連結法人が相互協議を伴う事前確認を求めている場合には2部）を速やかに国税庁課税部法人課税課に送付する。局調査課は、確認申出連結法人が相互協議を伴う事前確認を求めている場合には、収受した連結確認申出書1部を速やかに国税庁調査査察部調査課に送付する。庁担当課は、確認申出連結法人が相互協議を伴う事前確認を求めている場合には、送付された当該連結確認申出書1部を庁相互協議室に回付する。
(2) 審査対象連結法人が連結子法人である場合には、所轄税務署長は、当該確認申出連結法人から提出された連結確認申出書の写しを、次に掲げる連結子法人の区分に応じ、速やかにそれぞれ次に定める部署に回付する。
イ 調査課所管法人に該当する連結子法人 当該連結子法人の本店又は主たる事務所の所在地（以下「本店等所在地」という。）を所轄する局調査課
ロ 調査課所管法人に該当しない連結子法人 当該連結子法人の本店等所在地を所轄する局法人課税課を経由して当該連結子法人の本店等所在地を所轄する署法人課税部門
6-7 確認対象連結事業年度は、原則として3連結事業年度から5連結事業年度とする。
6-8 確認申出連結法人から事前確認の申出の修正に係る書類の提出があった場合には、6-5及び6-6の取扱いに準じて処理を行う。
6-9 確認申出連結法人から事前確認の申出の取下書の提出があった場合には、6-5及び6-6の取扱いに準じて処理を行う。
6-10
(1) 事前相談は、事前確認の申出を行おうとする連結親法人が連結確認申出書及び6-3(1)イからルまでの資料を作成することに資するものであり、かつ、当該連結親法人が行おうとする事前確認の申出の内容を税務当局が適切に理解し、効率的かつ迅速に審査を行うことに資するものであることを踏まえ、局担当課はこれに的確に対応する。連結法人から事前相談があった場合には、原則として、親法人局担当課がこれに応ずることとし、審査対象連結法人が連結子法人である場合の当該事前相談については、必要に応じ、当該連結子法人の本店又は主たる事務所の所在地を所轄する局担当課（以下「子法人局担当課」という。）は、これに加わる。庁担当課（相互協議を伴う事前確認に係る事前相談にあっては、庁相互協議室を含む。(2)において同じ。）は、親法人局担当課からの連絡を受け、これに加わることができる。
(注) 確認対象連結事業年度の前の連結事業年度において、確認対象取引と同様の国外関連取引がある場合において、当該国外関連取引に関して移転価格税制の適用に係る調査が行われているときは、当該調査の終了前においても事前相談に応ずるが、当該調査の終了後において改めて事前確認の申出の内容に係る修正の要否について相談に応ずる。
(2) 親法人局担当課（事前相談に加わる子法人局担当課及び庁担当課を含む。(3)において同じ。）は次の点に留意して事前相談に応ずる。
イ 事前確認の申出を行おうとする連結親法人に対して、連結確認申出書の添付資料の作成要領、提出期限その他事前確認に係る手続に必要な事項を事前相談の際に十分に説明すること。
ロ 連結親法人が行おうとする事前確認の申出に係る国外関連取引の内容を的確に把握するとともに、当該連結親法人に対して、当該事前確認の申出に当たって必要な情報の提供に努めること。
(3) 親法人局担当課は、事前確認の申出を行おうとする連結法人が提出した資料の範囲内で事前相談に応ずる。
なお、親法人局担当課が、連結法人に対して、事前相談に先立って事前相談を行うに当たり必要と認められる資料の提出を求めた場合において、当該資料が事前相談の際に提出されないときは、事前相談に適切に応ずることができない旨を説明する。
(4) 連結親法人が行おうとする事前確認の申出の内容が次のイからハまでに掲げる場合に該当すると認められるときは、親法人局担当課は、当該連結親法人に対して、それぞれイからハまでに定める事項を説明する。
イ 6-14(1)イ、ハ、ニ又はヘに掲げる場合 当該事前確認の申出を行っても事前確認を行うことができない旨
ロ 6-14(2)イ、ロ、ホ、ヘ又はトに掲げる場合 当該事前確認の申出を行っても事前確認に係る手続を保留する旨
ハ 6-15(2)ハに掲げる場合 当該事前確認の申出を行っても6-15(2)に定めるところにより取り扱う旨
6-11 親法人局担当課は、連結親法人から事前確認の申出を受けた場合には、次により事前確認審査を行う。
(1) 親法人局担当課は、速やかに当該申出に係る事前確認審査に着手し、事案の複雑性や困難性に応じたメリハリのある事前確認審査を行い、的確かつ迅速な事務処理に努める。また、庁担当課は、必要に応じ事前確認審査に加わり、審査対象連結法人が連結子法人である場合には、必要に応じ、子法人局担当課は当該事前確認審査に加わる。
なお、事前確認審査を迅速に進めるためには、確認申出連結法人の協力が不可欠であることから、確認申出連結法人に対しその旨を説明し、理解を求める。
(2) 親法人局担当課（事前確認審査に加わる子法人局担当課を含む。以下(3)、(4)及び(5)において同じ。）は、原則として3-1及び3-2の取扱いその他の第3章（調査）及び第4章（独立企業間価格の算定等における留意点）の取扱いの例により事前確認審査を行う。
なお、事前確認審査は、調査には該当しないことに留意する。
(3) 親法人局担当課は、連結確認申出書に6-3(1)イからルまでに掲げる資料の添付がなかったことについて、相当の理由があると認める場合には、確認申出連結法人に対して、当該資料の提出に通常要する日数を勘案して、45日を超えない範囲内で提出期限を設定し、当該資料の提出を求める。
(4) 親法人局担当課は、事前確認審査のため、6-3(1)イからルまでに掲げるもの以外の資料が必要と認められる場合には、確認申出連結法人に対してその旨を説明し、当該資料の提出を求める。
なお、親法人局担当課は、確認申出連結法人に対して当該資料の提出を求める場合には、当該資料の提出の準備に通常要する日数を勘案して、45日を超えない範囲内で当該資料の提出期限を設定する。
(注) 親法人局担当課は、確認申出連結法人から提出された資料が不正確な情報に基づき作成されたものであると判断した場合には、速やかに、当該確認申出連結法人に対して、正確な情報に基づき作成した資料を提出するよう求める。
(5) 親法人局担当課は、確認申出連結法人が申し出た国外関連取引に係る独立企業間価格の算定方法等が最も適切な方法であると認められない場合には、当該確認申出連結法人に対し、申出の修正を求めることができる。
(6) 庁担当課は、必要に応じ、親法人局担当課に対し事前確認審査の状況等について報告を求める。
6-12
(1) 親法人局担当課は、確認申出連結法人が事前確認について相互協議を求める意思を有すると認められる場合には、平成13年6月25日付官協1-39ほか7課共同「相互協議の手続について」（事務運営指針）6(1)（相互協議の申立ての手続）に定める「相互協議申立書」を庁相互協議室に提出するよう勧奨する。
(2) 局担当課は、連結法人又はその国外関連者が当該国外関連者の所在する国又は地域の税務当局に事前相談に相当する相談又は事前確認の申出に相当する申出を行っていることを把握した場合には、当該連結法人に対し、我が国にも速やかに事前相談又は事前確認の申出を行うよう勧奨する。
6-13
(1) 確認申出連結法人が事前確認について相互協議を求める場合には、親法人局担当課（審査対象連結法人が連結子法人である場合で、子法人局担当課が事前確認審査に加わることとなったときの当該子法人局担当課を含む。）又は庁担当課は、必要に応じ、庁相互協議室と協議を行う。
(2) 確認申出連結法人が事前確認について相互協議を求める場合において、親法人局担当課は、事前確認審査を終了したときは、庁担当課を通じて事前確認審査の結果を庁相互協議室に連絡する。
また、庁相互協議室は、事前確認の申出に係る相互協議の結果を庁担当課を通じて親法人局担当課に連絡する。
6-14 事前確認審査に当たっては、移転価格税制の適正かつ円滑な執行を図る観点から、次の(1)又は(2)に定めるところにより適切に対応することに留意する。
(1) 次に掲げる場合に該当することにより、確認申出連結法人が行った事前確認の申出について、事前確認を行うことが適当でないと認める場合には、親法人局担当課は、庁担当課（相互協議を伴う事前確認の申出にあっては、庁相互協議室を含む。）と協議の上、確認申出連結法人に対して、事前確認を行うことができない旨を説明する。
イ 非関連者の間では通常行われない形態の取引を確認対象取引とすること等により、経済上の合理的な理由なく我が国での租税負担が軽減されることとなると認められる場合
ロ 確認申出連結法人が、事前確認審査に必要な情報を6-11(3)又は(4)により親法人局担当課が設定した期限までに提出しないことその他の当該確認申出連結法人から協力が得られない事情により、事前確認審査に支障が生じている場合
ハ 事前確認の申出が、過去に行われた事前確認の申出であってイからヘまでに掲げる場合に該当することにより事前確認を行うことができないこととされたものとその内容において同一であると認められる場合
（注）1 「その内容において同一であると認められる場合」とは、例えば、確認対象取引、確認対象取引に係る国外関連者及び確認対象取引に係る独立企業間価格の算定方法等が、確認対象連結事業年度のうち3連結事業年度以上において同一であると認められる場合をいう。
2 事前確認の申出のうち過去に事前確認を行うことができないこととされた事前確認の申出とその内容において同一であると認められる部分を除いた残りの部分が一の申出として成立する場合には、一の申出として成立する当該残りの部分について事前確認の申出を取り下げるか否か又は事前確認を求めるか否かを確認申出連結法人から聴取する。この場合において、親法人局担当課は、確認申出連結法人が当該事前確認の申出を取り下げるときは、当該確認申出連結法人に対して取下書の提出を求めた上で6-9に定める処理を行い、当該確認申出連結法人が事前確認を求めるときは、6-15(1)から(3)までに定める処理を行う。
ニ 確認対象取引が、法令等に抵触し、又は抵触するおそれがある場合
ホ 6-15(2)に定めるところにより、親法人局担当課が、確認申出連結法人から事前確認の申出を取り下げるか否か又は相互協議を伴わない事前確認を求めるか否かを聴取した日の翌日から3か月を経過する日までに、当該確認申出連結法人からの回答がなかった場合
ヘ その他事前確認を行うことが適当でないと認められる場合
(注) 「その他事前確認を行うことが適当でないと認められる場合」とは、例えば、事前確認審査において把握した事実に基づき、確認対象取引に係る独立企業間価格の算定方法等が最も適切な方法であると認められないことが明らかになったにもかかわらず、確認申出連結法人が事前確認の申出の修正に応じない場合、事前確認の申出及びその取下げを繰り返す場合などが該当する。
(2) 次に掲げる場合に該当することにより、確認申出連結法人が行った事前確認の申出に係る事前確認審査を開始し、又は継続することが適当でないと親法人局担当課が判断した場合には、当該親法人局担当課は、庁担当課（相互協議を伴う事前確認の申出にあっては、庁相互協議室を含む。）と協議の上、当該確認申出連結法人に対して、事前確認審査を開始し、又は再開することが適当であると判断するまでの間、当該事前確認の申出に係る事前確認の手続を保留する旨を説明する。なお、ニに該当する場合には、6-15(2)ロに該当することになる場合があることについても併せて説明することに留意する。
イ 確認申出連結法人から、移転価格税制に基づく更正等に係る国外関連取引と同様の国外関連取引を確認対象とする申出が行われている場合において、当該更正等に係る不服申立て又は訴えについての決定若しくは裁決又は判決の確定を待って事前確認審査を行う必要があると認められるとき
ロ 確認申出連結法人から、確認対象取引以外の国外関連取引に係る事前確認の申出及び相互協議の申立てが行われている場合において、当該相互協議の合意を待って当該確認対象取引に係る事前確認審査を行う必要があると認められるとき
ハ 6-3(1)トに定める資料によっては、事業活動の実態を把握できず、確認対象取引の確認対象連結事業年度における実績を踏まえて事前確認審査を行う必要があると認められる場合
ニ 相互協議を伴う事前確認の申出について、庁相互協議室から庁担当課を通じて、当該事前確認の申出に係る国外関連者がその所在する国又は地域の税務当局に対して行った事前確認の申出に相当する申出が当該税務当局によって収受されていないものと認められる旨の連絡を受けており、かつ、当該事前確認の申出に相当する申出が当該税務当局によって収受された旨又は収受される見込みとなった旨の連絡を受けてから事前確認審査を行うことが適当であると認められる場合
ホ 相互協議を伴う事前確認の申出について、庁相互協議室から庁担当課を通じて、事前確認審査を終了したとしても、当分の間、相互協議が行われることが見込まれない旨の連絡を受けた場合（ニに該当する場合を除く。）
ヘ 確認対象連結事業年度の前の連結事業年度において、確認対象取引と同様の国外関連取引に対し移転価格税制の適用に係る調査が行われている場合
ト その他事前確認審査を開始し、又は継続することが適当でないと認められる場合
6-15
(1) 相互協議を伴う事前確認の申出について、親法人局担当課は、庁担当課を通じて庁相互協議室から相互協議の合意が成立した旨の通知を受けた場合には、必要に応じ、確認申出連結法人から事前確認の申出の修正を受けた上で、速やかに、事前確認を行う旨を所轄税務署長に連絡する。
なお、審査対象連結法人が連結子法人である場合で、親法人局担当課が相互協議の合意が成立した旨の通知を受けたときは、当該親法人局担当課は、事前確認を行う旨を、次に掲げる連結子法人の区分に応じ、速やかにそれぞれ次に定める部署に連絡する。
イ 調査課所管法人に該当する連結子法人 当該連結子法人の本店又は主たる事務所の所在地を所轄する局調査課
ロ 調査課所管法人に該当しない連結子法人 当該連結子法人の本店又は主たる事務所の所在地を所轄する局法人課税課を経由して当該連結子法人の本店又は主たる事務所の所在地を所轄する署法人課税部門
(2) 相互協議を伴う事前確認の申出について、次に掲げる場合に該当するときは、親法人局担当課は、確認申出連結法人から当該事前確認の申出を取り下げるか否か又は相互協議を伴わない事前確認を求めるか否かを聴取する。この場合において、親法人局担当課は、当該確認申出連結法人が当該事前確認の申出を取り下げるときは、当該確認申出連結法人に対して取下書の提出を求めた上で6-9に定める処理を行い、当該確認申出連結法人が相互協議を伴わない事前確認を求めるときは、(3)に定める処理を行う。
イ 庁相互協議室から庁担当課を通じて相互協議の合意が成立しなかった旨の通知を受けた場合
ロ 庁相互協議室から庁担当課を通じて当該確認申出連結法人による事前確認の申出に係る国外関連者がその所在する国又は地域の税務当局に対して行った事前確認の申出に相当する申出が当該税務当局によって収受されていないものと認められる旨の連絡を受けており、かつ、確認対象連結事業年度のうち最初の連結事業年度の開始の日の翌日から3年を経過する日までに、庁相互協議室から庁担当課を通じて、当該税務当局によって当該事前確認の申出に相当する申出が収受された旨又は収受される見込みとなった旨の連絡を受けていない場合
ハ 事前確認の申出が、過去に庁相互協議室から庁担当課を通じて相互協議の合意が成立しなかった旨の通知を受けたものとその内容において同一であると認められる場合
（注）1 「その内容において同一であると認められる場合」とは、例えば、確認対象取引、確認対象取引に係る国外関連者及び確認対象取引に係る独立企業間価格の算定方法等が、確認対象連結事業年度のうち3連結事業年度以上において同一であると認められる場合をいう。
2 事前確認の申出のうち過去に相互協議の合意が成立しなかった旨の通知を受けた事前確認の申出とその内容において同一であると認められる部分を除いた残りの部分が一の申出として成立する場合には、一の申出として成立する当該残りの部分について事前確認の申出を取り下げるか否か又は事前確認を求めるか否かを確認申出連結法人から聴取する。この場合において、親法人局担当課は、確認申出連結法人が当該事前確認の申出を取り下げるときは、当該確認申出連結法人に対して取下書の提出を求めた上で、6-9に定める処理を行い、当該確認申出連結法人が事前確認を求めるときは、(1)から(3)までに定める処理を行う。
この場合において、審査対象連結法人が連結子法人であるときは、親法人局担当課は、(1)の定めに準じて所要の連絡を行う。
(3) 相互協議を伴わない事前確認の申出について、事前確認審査の結果、その国外関連取引に係る独立企業間価格の算定方法等が最も適切な方法であると認められる場合又は親法人局担当課が事前確認の申出の修正を求め、確認申出連結法人が当該修正に応じた場合には、親法人局担当課は、速やかに、所轄税務署長に事前確認を行う旨を連絡する。この場合において、確認申出連結法人が当該事前確認の申出の修正に応じないときは、6-14(1)ヘの定めに該当することに留意する。
この場合において、審査対象連結法人が連結子法人であるときは、親法人局担当課は、(1)の定めに準じて所要の連絡を行う。
(4) 親法人局担当課は、6-14(1)の定めにより確認申出連結法人に対して事前確認を行うことができない旨を説明した場合には、速やかに、その旨を所轄税務署長に連絡する。
この場合において、審査対象連結法人が連結子法人であるときは、親法人局担当課は、(1)の定めに準じて所要の連絡を行う。
(5) 所轄税務署長は、確認申出連結法人に対し、親法人局担当課から(1)又は(3)の連絡を受けたときは、速やかに、別紙様式3により作成した「独立企業間価格の算定方法等の確認通知書」により事前確認を行う旨の通知を行い、また、(4)の連絡を受けたときは、速やかに、別紙様式4により作成した「独立企業間価格の算定方法等の確認ができない旨の通知書」により事前確認を行うことができない旨の通知を行う。
6-16 所轄税務署長は、6-15(5)の取扱いにより事前確認を行う旨の通知を受けた連結法人（以下「確認連結法人」という。）が事前確認を受けた各連結事業年度（以下「確認連結事業年度」という。）において、事前確認を受けた国外関連取引（以下「確認取引」という。）について事前確認の内容に適合した申告を行っている場合には、当該確認取引は独立企業間価格で行われたものとして取り扱う。
なお、事前確認を行う旨の通知があった時に既に経過した確認連結事業年度がある場合において、当該通知又は局担当課による行政指導により当該確認連結事業年度に係る申告を事前確認の内容に適合させるために確認連結法人が自主的に提出する修正申告書は、国税通則法第65条第1項及び第5項（過少申告加算税）に規定する「更正があるべきことを予知してされたもの」には該当しないことに留意する。
また、修正申告書が同条第5項の調査通知後に提出された場合であっても、事前確認の内容に適合させるための部分は、同項に規定する「調査通知がある前に行われたもの」として取り扱うことに留意する。
6-17 所轄税務署長は、確認連結法人に対し、確認連結事業年度の連結確定申告書の提出期限又は当該所轄税務署長があらかじめ定める期限までに、次の事項を記載した資料を添付した「独立企業間価格の算定方法等の確認に関する報告書」を別紙様式8により作成し、これを当該所轄税務署長に提出するよう求める。
なお、当該報告書の提出部数は、調査課所管法人に該当する確認連結法人にあっては1部、調査課所管法人に該当しない確認連結法人にあっては3部とする。
(1) 確認連結法人が確認取引について事前確認の内容に適合した申告を行っていることの説明
(2) 確認取引に係る連結法人及びその国外関連者の確認取引に係る損益の明細並びに当該損益の額の計算の過程を記載した書類（事前確認の内容により局担当課が必要と認める場合に限る。）
(3) 事前確認の前提となった重要な事業上又は経済上の諸条件の変動の有無に関する説明
(4) 確認取引の対価の額が事前確認の内容に適合しなかった場合に、確認連結法人が行った6-19(2)に定める対価の額の調整の説明
(5) 確認取引に係る連結法人及び確認取引に係る国外関連者の財務状況
(6) その他確認連結事業年度において確認取引について事前確認の内容に適合した申告が行われているかどうかを検討する上で参考となる事項
(注) 当該所轄税務署長があらかじめ定める期限が日曜日、祝日法に規定する休日その他一般の休日又は国税通則法施行令第2条第2項に規定する日に当たるときは、これらの日の翌日までに提出するよう求める。
6-18
(1) 確認連結法人から、6-17に定める報告書の提出があった場合には、署法人課税部門又は局調査課は6-5及び6-6の取扱いに準じて処理を行う。
(2) 親法人局担当課は、当該報告書に基づき、確認取引について事前確認の内容に適合した申告が行われているかどうかを検討する。また、確認取引に係る連結法人が連結子法人である場合には、必要に応じ、子法人局担当課が当該報告書等の検討を行い、その検討結果を親法人局担当課に連絡する。
(3) 局担当課は、当該報告書の検討において、確認連結法人又は確認取引に係る連結法人が連結子法人である場合の連結子法人に接触する場合には、原則として、行政指導として行うことに留意し、確認連結事業年度において確認取引について事前確認の内容に適合した申告が行われておらず、連結所得の金額が過少となっていると疑われる場合には、親法人局担当課は当該確認連結法人に対して自発的な見直しを要請した上で必要に応じて修正申告書及び異動後の個別帰属額等の届出書の自発的な提出を要請する。
確認連結法人又は確認取引に係る連結法人が連結子法人である場合の連結子法人が行政指導に応じない場合には、調査に移行することに留意し、局担当課は国税通則法に規定する調査手続に従って調査を実施する。また、調査の結果、確認連結事業年度において確認取引について事前確認の内容に適合した申告が行われておらず、連結所得の金額が過少となっている事実が判明した場合には、親法人局担当課は当該確認連結法人に対し調査の結果を説明した上で修正申告書及び異動後の個別帰属額等の届出書の提出が必要となる旨を説明する。
なお、確認連結法人又は確認取引に係る連結法人が連結子法人である場合の連結子法人に対し調査又は行政指導に当たる行為を行う際は、対面、電話、書面等の態様を問わず、いずれの事務として行うかを明示した上で、それぞれの行為を法令等に基づき適正に行うことに留意する。
(注) 局担当課による行政指導により、当該確認連結法人が自主的に修正申告書を提出する場合には、当該修正申告書は、国税通則法第65条第1項及び第5項に規定する「更正があるべきことを予知してされたもの」には該当しないことに留意する。
また、修正申告書が同条第5項の調査通知後に提出された場合であっても、事前確認の内容に適合させるための部分は、同項に規定する「調査通知がある前に行われたもの」として取り扱うことに留意する。
(4) 親法人局担当課は、必要に応じ当該報告書の検討結果を庁担当課に報告し、相互協議の合意が成立した事案については庁担当課を通じて検討結果を庁相互協議室に連絡する。
6-19
(1) 所轄税務署長は、確認連結法人が確認取引の対価の額を事前確認の内容に適合した額とするために、確定した決算において行う必要な調整は、移転価格税制の適用上適正な取引として取り扱う。
(2) 親法人局担当課は、(1)の調整を行うことができなかった場合における確認連結法人の確認取引の対価の額の調整（以下6-19において「補償調整」という。）について、次の処理を行うよう指導する。
イ 確認連結法人は、確認連結事業年度に係る確定申告前に、当該確認連結法人又はその連結子法人の確定した決算における確認取引の対価の額が事前確認の内容に適合していないことにより連結所得の金額が過少となることが判明した場合には、申告調整により当該連結所得の金額を修正する。
ロ 確認連結法人は、確認連結事業年度に係る確定申告後に、確認取引の対価の額が事前確認の内容に適合していないことにより連結所得の金額が過少となっていたことが判明した場合には、速やかに修正申告書及び異動後の個別帰属額等の届出書を提出する。
ハ 確認連結法人は、確認連結事業年度に係る確定申告前に、当該確認連結法人又はその連結子法人の確定した決算における確認取引の対価の額が相互協議の合意が成立した事前確認の内容に適合していないことにより連結所得の金額が過大となることが判明した場合には、補償調整に係る相互協議の合意内容に従い、申告調整により当該連結所得の金額を修正することができる。
ニ 確認連結法人は、確認連結事業年度に係る確定申告後に、確認取引の対価の額が相互協議の合意が成立した事前確認の内容に適合していないことにより連結所得の金額が過大となっていたことが判明した場合には、補償調整に係る相互協議の合意内容に従い、国税通則法第23条第2項（更正の請求）の規定に基づき更正の請求を行うことができる。
6-20 確認連結法人から、確認連結事業年度のうちのいずれかの連結事業年度において、事前確認を継続する上で前提となる重要な事業上又は経済上の諸条件等について事情の変更が生じたことにより事前確認の改定の申出がなされた場合には、6-1から6-19までの取扱いに準じて所要の処理を行う。
6-21
(1) 親法人局担当課は、次のイからハまでに該当する場合には、それぞれの事実の発生した連結事業年度以後の確認連結事業年度（その事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該事業年度を含む。以下6-21において同じ。）について、ニに該当する場合には確認連結事業年度について、事前確認を取り消す旨を所轄税務署長に連絡する。
この場合において、確認取引に係る連結法人が連結子法人であるときは、親法人局担当課は、6-15(1)の取扱いに準じて所要の連絡を行う。
イ 確認連結法人が6-20に定める事情の変更が生じたにもかかわらず事前確認の改定の申出を行わなかった場合
ロ 確認連結法人が確認取引について事前確認の内容に適合した申告を行わなかった場合
ハ 確認連結法人が6-17に定める報告書を提出しなかった場合又は当該報告書に重大な誤りがあった場合
ニ 事前確認の基礎とした事実関係が真実でない場合又は事前確認の申出の内容に重大な誤りがあった場合
(2) (1)の取消しの連絡を行う場合、親法人局担当課は必要に応じ庁担当課と協議を行う。また、確認取引に係る連結法人が連結子法人である場合には、子法人局担当課は必要に応じ、これに加わる。
(3) 相互協議の合意が成立した事前確認について(1)の取消事由が生じている場合には、親法人局担当課は、庁担当課を通じ、庁相互協議室と協議し、当該事前確認につき事前確認を取り消す旨の相互協議の合意を受け、その旨を所轄税務署長に連絡する。
この場合において、確認取引に係る連結法人が連結子法人であるときは、親法人局担当課は、6-15(1)の取扱いに準じて所要の連絡を行う。
(4) 所轄税務署長は、確認連結法人に対し、親法人局担当課から(3)の連絡を受けたときは、速やかに、別紙様式5により作成した「独立企業間価格の算定方法等の確認取消通知書」により事前確認を取り消す旨の通知を行う。
6-22 確認連結法人から事前確認の更新の申出がなされた場合には、6-1から6-21までの取扱いに準じて所要の処理を行う。
6-23 確認申出連結法人から確認対象連結事業年度における独立企業間価格の算定方法等を確認対象連結事業年度前の各連結事業年度（その事業年度が連結事業年度に該当しない場合には、当該事業年度を含む。以下6-23において同じ。）に準用したい旨の申出があった場合において、その事前確認の申出が相互協議の申立てを伴うものであって、当該申出に係る独立企業間価格の算定方法等が確認対象連結事業年度前の各連結事業年度においても最も適切な方法であると認められるときは、6-15、6-16、6-19及び6-21の取扱いに準じて所要の処理を行う。
6-24
(1) 審査対象連結法人が他の連結グループの連結法人となった場合で、その法人（以下「連結加入法人」という。）が引き続き事前確認の申出を行うときは、連結加入法人に係る連結親法人の所轄税務署長は、当該連結親法人に対し、「連結加入等法人の事前確認の継続届出書」を別紙様式6により作成し、これを当該所轄税務署長に速やかに提出するよう求める。
なお、当該届出書の提出部数は、調査課所管法人に該当する連結親法人にあっては1部（当該連結親法人が相互協議を伴う事前確認を求めている場合には2部）、調査課所管法人に該当しない連結親法人にあっては3部（当該連結親法人が相互協議を伴う事前確認を求めている場合には4部）とする。
(注) 連結法人以外の法人が事前確認の申出を行った後、連結納税を開始又は連結グループに加入した場合の取扱いについては、単体指針6-24（法人が連結グループに加入等した場合の取扱い）の定めによる。
(2) (1)の連結親法人からその所轄税務署長に対し(1)に定める届出書の提出があった場合は、6-5及び6-6の取扱いに準じて処理を行う。また、当該所轄税務署長は、当該届出書の写しをその連結加入法人の連結親法人であった法人の所轄税務署長に送付する。
(3) (1)の連結親法人から(1)に定める届出書の提出があった場合のその連結加入法人に係る事前確認については、当該連結親法人からその所轄税務署長に対し、6-2に定める事前確認の申出が行われたものとして、この事務運営指針の取扱いを適用する。
6-25
(1) 審査対象連結法人が連結法人以外の法人となった場合で、その法人（以下「連結離脱等法人」という。）が引き続き事前確認の申出を行うときは、連結離脱等法人の所轄税務署長は、連結離脱等法人に対し、「連結離脱等法人の事前確認の継続届出書」を別紙様式6により作成し、これを当該所轄税務署長に速やかに提出するよう求める。
なお、届出書の提出部数は、調査課所管法人に該当する連結離脱等法人にあっては1部（連結離脱等法人が相互協議を伴う事前確認を求めている場合には2部）、調査課所管法人に該当しない連結離脱等法人にあっては3部（連結離脱等法人が相互協議を伴う事前確認を求めている場合には4部）とする。
(2) (1)の連結離脱等法人からその所轄税務署長に対し、(1)に定める届出書の提出があった場合には、6-5及び6-6の取扱いに準じて処理を行う。この場合において、(1)の連結離脱等法人が連結子法人であるときは、当該所轄税務署長は、当該届出書の写しを連結離脱等法人の連結親法人であった法人の所轄税務署長に送付する。
(3) (1)の連結離脱等法人から(1)に定める届出書の提出があった場合の当該連結離脱等法人に係る事前確認については、当該連結離脱等法人からその所轄税務署長に対し、単体指針6-2（事前確認の申出）に定める事前確認の申出が行われたものとして、同指針の取扱いを適用する。
連結法人に係る移転価格事務運営要領の制定について(事務運営指針)
(別添)
第1章 定義及び基本方針
第3章 調査
第5章 国外移転所得金額等の取扱い
第6章 連結法人の事前確認
第7章 平成29年1月31日付官協8-1ほか7課共同「日台民間租税取決め第24条（相互協議手続）の取扱い等について」（事務運営指針）（以下「日台相互協議指針」という。）に定める相互協議が行われる場合の取扱い